1941-42 fordulójának eseményei megérlelték az uralkodó körök elhatározását, hogy a feltétlen németbarát Bárdossy Lászlónak távoznia kell. 1942 márciusában a kormányzó Kállay Miklóst nevezte ki miniszterelnökké.
Kállay támadást indított a függetlenségi mozgalom ellen. Közel 400 szociáldemokrata párti és szakszervezeti vezető kapott katonai behívót, és a munkaszolgálatos századokba osztották be őket. Letartóztattál Szakasits Árpádot, lecsaptak a KMP-re. Rózsa Ferencet, a KB titkárát és az illegális Szabad Nép szerkesztőjét halálra kínozták. Schönherz Zoltánt, a KB másik titkárát kivégezték. Feloszlott a Történelmi Emlékbizottság is.
1942 április 11-én megindult a 2. magyar hadsereg kiszállítása a frontra, melynek feladata a Voronyezstől délre, a Don-kanyarban lévő közel 200 kilométeres folyószakasz védelme volt. Ehhez azonban nem volt elegendő katona és megfelelő fegyverzet. Különösen páncélelhárító fegyverekből, harckocsikból és tüzérségi eszközökből volt nagy a hiány. A hideg orosz télben a katonák túlnyomó része nem rendelkezett megfelelő téli ruházattal sem. Az 1943. január 12-én megindult szovjet rohamnak a 2. magyar hadsereg csak rövid ideig volt képes ellenállni. A Vörös Hadsereg áttörte a védelmi vonalat, az ellenállás összeomlott.   
Óriásiak voltak a veszteségek. A doni tragédia mély hatást gyakorolt a közhangulatra és a politikai életre egyaránt, bár a kormány igyekezett eltitkolni a valós veszteségeket ( a hadsereg parancsnokát, Jány Gusztávot hazaérkezésekor ünnepélyesen fogadták). A voronyezsi katasztrófa és az 1943 júliusi olaszországi fordulat hatására titkos tárgyalások kezdődtek az angol-amerikai szövetségesekkel, miközben a kormány szövetségesi kötelezettségeit is teljesítette Németországgal szemben. Ennek eredményeképpen sikerült megkötni 1943 szeptemberében egy előzetes fegyverszüneti megállapodást. A Magyarország kapitulációjáról szóló okmány akkor lépett volna életbe, ha az angol-amerikai csapatok elérik Magyarország határait. Ehhez a szövetségesek gyors olaszországi előrenyomulása vagy egy balkáni partraszállásra lett volna szükség. Egyik sem következett be. Következményeképpen Hitler - aki tudomást szerzett a megállapodásról – Magyarország katonai megszállása mellett döntött. Az olasz kiugrás után nem akarta kockáztatni újabb szövetségesének elvesztését, Horthyt 1944. március 18-ra Klessheimbe rendelte, ahol közölte vele a megszállás tényét. 
A német csapatok 1944. március 19-én foglalták el Magyarország területét. Szervezett ellenállásba nem ütköztek. Magyarországra érkezett Edmund Veesemayer teljhatalmú birodalmi megbízott a magyar politika irányítására és Adolf Eichmann a zsidók deportálásának irányítására.
A Gestapó emberei már az első napon hozzáláttak a baloldali vagy angol orientációjú politikusok, újságírók és gazdasági vezetők letartóztatásához. A németek jelenléte és az együttműködő Sztójay-kormány politikája miatt az angol-amerikai légierő rendszeresen bombázta az országot. A megszállási rendszer a vele együttműködő magyar államapparátusra támaszkodott.
Horthy jóváhagyásával kiküldték az 1. magyar hadsereget a szovjet frontra. Betiltották az összes náciellenes sajtóterméket és törvényen kívül helyeztek minden baloldali ellenzéki pártot. A fegyverkezés és a haditermelés irányítására német megbízottat neveztek ki.
A bányászat, olaj és bauxit kitermelés az ipar és a mezőgazdaság mellett a németek maximálisan igénybe vették a közlekedési hálózatot. Magyarország tartotta el a megszálló csapatokat. A megnövekedett áruszállítások áruhiányt és az infláció gyorsulását idézték elő.
Megindult a zsidóság német mintájú üldözése. Sárga színű hatágú csillag viselésére kötelezték őket. A propaganda azt terjesztette, hogy a háborús nélkülözésekért a zsidóság a felelős. Május közepén megkezdődtek a deportálások. 
1944 májusában megalakult a németellenes összefogás szervezete, a Magyar Front. Tagja volt a SZDP, FKGP, a Nemzeti Parasztpárt, és a Békepárt (szeptember 12-től Kommunista Párt) és a legitimista Kettős Kereszt Szövetség. Elnökévé szeptember elején a szociáldemokrata Szakasits Árpádot választották.
Az 1944. november 9-én Budapesten alakult ellenállási szervezetet, a Magyar Nemzeti Felkelés Felszabadító Bizottságát árulás következtében felszámolták. Vezetőit, köztük Bajcsy-Zsilinszky Endrét és Kiss János altábornagyot a nyilasok kivégezték.
Románia 1944. augusztus 23-i átállásával a szovjet hadsereg a Kárpátokon belülre került. 25-étől román támadások érték a Székelyföldet, 27-én a 2. Ukrán Front átlépte az akkori magyar határt. Horthy kormányzó, az átmeneti német hatalmi megingást kihasználva, 1944. augusztus 29-én Lakatos Géza vezérezredest nevezte ki miniszterelnökké. Az ország minél gyorsabb kivezetése a háborúból volt a feladata. Az 1944. október 11-én Faraghó Gábor vezérezredes által aláírt ún. előzetes fegyverszüneti feltételek tartalmazták a németek megtámadásának kötelezettségét is, továbbá előírták az 1937. december 31-én érvényben volt határok mögé történő visszatérést. Október 15-én a rádióban beolvasták a kormányzó proklamációját a fegyverszünet kéréséről. A „kiugrást” azonban egyáltalán nem készítették elő. A németbarát szellemben nevelt tisztikar és a vezérkar azonban ellenállt. Horthy helyzetét tovább nehezítette, hogy egyetlen még élő gyermekét, Miklóst a németek október 15-én túszként foglyul ejtették.
A vezérkari főnök nevében azonban a harc folytatását elrendelő parancsot olvasták fel a rádióban. A németek megostromolták a Várat, 1944. október 16-ára virradóra a kormányzó lemondott, és miniszterelnökké nevezte ki Szálasi Ferencet. (Horthyt a háború végéig Németországban tartották fogva. A háborús főbűnösök nürnbergi perében tanúként hallgatták ki. 1957-ben bekövetkezett haláláig Portugáliában élt.)